1990-2013

Rapid reușește cele mai importante performanțe ale sale pe plan intern și internațional. Din 1993, echipa a fost preluată de George Copos. În 1999 și 2003 a câștigat campionatul, iar în 1998, 2002, 2006 și 2007 Cupa României. În 2006, Rapid s-a calificat în Cupa UEFA din postura de câștigătoare a Cupei României, și a reușit totodată calificarea în premieră în grupele acestei competiții, la al doilea sezon de când UEFA a introdus acest format pentru a doua competiție intercluburi ca importanță din Europa. Alb-vișiniii au trecut de grupe, iar în șaisprezecimi au întâlnit echipa germană Hertha Berlin, pe care au eliminat-o după 1-0 la Berlin, pe Olympiastadion și 2-0 pe „Giulești”, astfel rapidiștii ajungând în optimi. În această fază, rapidiștii au dat de o altă echipă din Germania, una din marile favorite la câștigarea Cupei UEFA în acel sezon, Hamburger SV (sau SV Hamburg), de care au trecut după 2-0 pe „Giulești” și 1-3 pe AOL Arena (rapidiștii s-au calificat datorită golului din deplasare), iar în sferturi au întâlnit Steaua, cealaltă echipă românească aflată la cea mai mare performanță în Cupa UEFA din istorie. A fost o luptă dramatică, de unde învingători au ieșit steliștii, după 1-1 în „Giulești” și 0-0 pe Stadionul Național(steliștii s-au calificat datorită golului din deplasare). A fost cea mai mare performanță europeană a echipei alb-vișinii de după cel de al Doilea Război Mondial.

După acel sezon, situația financiară a Rapidului s-a complicat, în parte și de condamnarea penală a patronului George Copos în Dosarul Transferurilor și apoi în dosarul „Loteria”. Performanțele au intrat și ele într-un declin, după ce în 2007–2008 terminase pe locul 3, Rapidul terminând campionatul pe locurile 7–8 de trei ori în următorii cinci ani.