​

După război, echipa revine în campionatul Campionatul capitalei în ediția 1945-1946, situându-se pe în final pe locul 4. În anul competițional 1946-1947, primul sezon național oficial după încheierea războiului, echipa (redenumită din nou în CFR) încheie pe locul cinci, la două puncte distanță de locul doi și la 13 față de locul 1. În sezonul următor, 1947-1948, echipa termină pe locul trei, în spatele echipelor CFR Timișoara și ITA Arad, iar în sezonul 1948-1949 termină pe locul doi, la cinci puncte în spatele celor de la IC Oradea.[Pe 20 martie 1949, CFR București obține cea mai clară victorie din istoria sa, 12-2 cu CFR Cluj.

În anul competițional 1950, desfășurat după model sovietic (pe sistemul primăvară-toamnă), echipa termină pe locul doi. La începutul acestui sezon echipa devine Locomotiva, după decizia în urma căreia toate echipele feroviare din țară sunt nevoite să-și schimbe denumirea astfel. Prima retrogradare a venit în 1951, când ocupă locul 11, pierzând la golaveraj. Promovează după un an, de pe primul loc, la 10 puncte în spatele celei de-a doua clasate (Locomotiva Iași) și va încheia sezonul 1953 pe locul cinci.În anul 1954 retrogradează pentru a doua oară, ocupând locul 12. Revine din nou, după un singur an, în Divizia A, urmând o perioadă bună pentru echipă. În 1956 ocupă locul patru, la numai 5 puncte de prima poziție.

Din sezonul 1957-1958 se revine la sistemul toamnă-primăvară, iar feroviarii termină pe la mijlocul clasamentului. În 1958 se revine la numele consacrat de Rapid. În anii următori echipa termină pe locurile 4 (1958-1959) și 10 (1959-1960).

În acești ani, în lotul de jucători al echipei s-au numărat: V. Stănescu, Gh. Dungu, Gh. Demeter, D. Macri, V. Mihăilescu, C. Simionescu, N. Cristescu, I. Ruzici, C. Socec, I. Lungu, B. Marian, A. Rădulescu, A. Ferenczi, Șt. Filotti, N. Roman, Em. Avasilchioaie, D. Călin, L. Coman, A. Todor, N. Dodeanu, I. Langa, I. Olaru, S. Zeană, Gh. Milea ș.a.